Главный врач – Мейрханов Талгарбек. Южно-Казахстанский областной центр по профилактике и борьбе со СПИД был организован на основании приказа областного отдела здравоохранения №323-П от 18.07.1989 года и имел следующую структуру: Центр по профилактике и борьбе со СПИД - это государственное учреждение, занимающееся профилактическими, противоэпидемическими мероприятиями для предупреждения распространения ВИЧ-инфекции на территории области и оказывающее медицинскую помощь выявленным ВИЧ-инфицированным и больным СПИД.


      Основными задачами Центра являются:
1) организация и координация мероприятий по профилактике, диагностике и лечении ВИЧ-инфекции и СПИД;
2) организация и проведение эпидемиологического надзора и противоэпидемических мероприятий;
3) организация и проведение лабораторной диагностики ВИЧ и СПИД ассоциированных заболеваний;
4) мониторинг лечения и проводимых исследований на ВИЧ;
5) диспансеризация и медицинская помощь ВИЧ-инфицированным, проведение постконтактной антиретровирусной профилактики;
6) подготовка по вопросам профилактики, диагностики и лечения ВИЧ-инфекции и СПИД 


      Функционируют шесть отделов - администрация, отдел информационно-методических и профилактических мероприятий, отдел эпидемиологического слежения за ВИЧ-инфекцией, лечебно-профилактический отдел, диагностическая лаборатория, отдел информатики и компьютерного слежения. Кроме того, приказом областного управления здравоохранения №115-_ от 24.02.2009 года «Об открытии филиалов государственного учреждения «Областной центр по профилактике и борьбе со СПИДом»» открыты и функционируют отделения областного центра СПИД в г.Туркестан и в Мактааральском районе. В связи, с чем штатные единицы увеличились с 23,0 ставок в начале (в 1989г.) до 172,25 (в 2013 г.). Центр укомплектован кадрами полностью, работают: врачи организаторы здравоохранения, эпидемиологи, инфекционисты, терапевт, фтизиатр, акушер гинеколог, психотерапевт, дерматовенерологи, психологи, лаборанты, социальный работники и другие. 


В настоящее время работают 50 врачей и 62 средних медицинских работников. 8 врачей награждены нагрудными знаками «Отличник здравоохранения»
Центр оснащен современными диагностическими оборудованием, таким как автоматический иммуноферментный анализатор Evolis (Франция), автоматический иммуноферментный анализатор AxSYM Systems ABBOT (США), биохимический анализатор Bio Systems F-25 (Испания), гематологический анализатор Systems КХ-21 N (Япония), ПЦР - комплект и другие. Все отделы обеспечены современными компьютерами. 
С 2004 года в области одними из первых в Республике Казахстан внедрили лечение ВИЧ-инфицированных антиретровирусными препаратами, в том числе детей.
Совместно с координатором ЮНИСЕФ А.Кадировой, советником ЮНИСЕФ Мимица Ядранка и координатором по профилактике передачи ВИЧ от матери к ребенку (ППМР) Карагандинского областного центра по профилактике и борьбе со СПИД Орловой О.И. на базе ОЦСПИД разработана программа по ППМ, который был взят за основу при издании приказа № 699 от 28.12.2008 года Министерства здравоохранения Республики Казахстан.


Южно-Казахстанский областной центр по профилактике и борьбе со СПИД одним из первых в Республике оснащен специализированным оборудованием:
- в 1990 году для постановки иммуноферментного анализа (ИФА анализатор);
- в 2007 году первыми в области установлено оборудование для постановки полимеразной цепной реакции (ПЦР), и на сегодняшний день имеет одну из лучших в Республике диагностическую лабораторию.


Специалисты областного центра по профилактике и борьбе со СПИД имеют передовой опыт, не имеющий равных в Республике, по оказанию медицинской помощи детям с ВИЧ позитивным статусом (лечение, диспансеризация, эпидемиологическое расследование в очагах, профилактика).
      6 врачей прошли обучение в ведущих странах СНГ (Россия, Украина и др.). 
      3 специалиста центра, с целью обмена опытом, посетили страны дальнего зарубежья (США, Румыния).
      Ежегодно, специалисты центра принимают участие в спартакиаде, приуроченной к празднованию Дня медицинского работника.